李宇琨的博客
  • 李宇琨
  • 2020年 08月13日
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在CentOS上安装ABAQUS 2019并搭建子程序开发环境

 

系列文章 在命令行窗口中运行ABAQUS 在Win10下搭建Abaqus子程序开发环境 Install Abaqus2016 on Linux (Ubuntu 16.04 64bit)部署平台 CentOS Linux release 7.8.2003 ABAQUS 2019 Intel Parallel Studio XE 2019 安装前的准...

系列文章

部署平台

  • CentOS Linux release 7.8.2003

  • ABAQUS 2019

  • Intel Parallel Studio XE 2019

安装前的准备

首先，对系统中已安装的软件包进行更新：

sudo yum update
sudo yum upgrade

然后进行必要环境的安装：

sudo yum install ksh
sudo yum install redhat-lsb
sudo yum install gcc
sudo yum install gcc-c++
sudo yum install gcc-gfortran
sudo yum install openmotif

安装证书服务器

破解文件的目录如下：

Crack
├── SSQ_UniversalLicenseServer_Core_<release-date>.zip
│   └── SolidSQUAD_License_Servers
│       └── ...
├── SSQ_UniversalLicenseServer_Module_DSSimulia_<release-date>.zip
│   └── Vendors
│       └── DSSimulia
│           └── ...
└──Readme.txt

如果从未安装过SolidSQUAD License Server：

  • 将SSQ_UniversalLicenseServer_Core_<release-date>.zip中的SolidSQUAD_License_Servers文件夹解压至目标文件夹，例如/opt/DassaultSystemes/SolidSQUAD_License_Servers；

  • 将SSQ_UniversalLicenseServer_Module_DSSimulia_<release-date>.zip中的Vendors文件夹解压至刚才的SolidSQUAD_License_Servers文件夹中；

  • 运行 SolidSQUAD_License_Servers文件夹中的install_or_update.sh，等待脚本完成；

sudo ksh ./install_or_update.sh

Troubleshooting

运行install_or_update.sh时报错

...
Cannot find a source for symlink to /lib/ld-lsb.so.3! Exiting...

使用yum provides命令查找缺失的库文件：

yum provides /lib/ld-lsb.so.3

返回：

...
redhat-lsb-core-4.1-47.el8.i686 : LSB Core module support
Repo        : AppStream
Matched from:
Filename    : /lib/ld-lsb.so.3

安装缺失的库文件：

sudo yum install redhat-lsb-core

运行install_or_update.sh时系统日志journalctl -xe报错

SELinux is preventing (lmgrd) from execute access on the file lmgrd.
...

SELinux系统是强制访问控制(MAC)安全系统，它拒绝了证书服务器的运行。getenforce命令用于查看SELinux运行状态；setenforce 0命令用于临时关闭SELinux，重启后失效；永久关闭SELinux，需要修改其配置文件/etc/selinux/config，将SELINUX=enforcing改为SELINUX=disabled，保存后退出，并重启系统。

运行Abaqus安装程序

sudo ksh 1/StartGUI.sh

选择需要安装的组件：

  • Extended Product Documentation
  • Abaqus Simulation Services
  • Abaqus Simulation Services CAA API
  • Abaqus/CAE
  • fe-safe
  • Tosca
  • Isight

注意：不要安装自带的FLEXnet License Server

在安装Abaqus/CAE时， Extended Product Documentation的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA2019doc

Abaqus Simulation Services及Abaqus Simulation Services CAA API的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SimulationServices/V6R2019x

Abaqus/CAE的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/CAE/2019

CAE Commands的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands

CAE external plugins的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/CAE/plugins/2019

fe-safe的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/fe-safe/2019

Tosca的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Tosca/2019

Isight的安装目录：/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Isight/2019

Troubleshooting

Ubuntu等Linux发行版无法直接运行安装程序

由于ABAQUS默认只支持一下几种Linux发行版：Red Hat Enterprise Linux，Centos和SuSE Linux Enterprise Server。因此首先我们需要使安装程序绕过系统监测：

export DSYAuthOS_`lsb_release -si`=1
export DSY_Force_OS=linux_a64
export NOLICENSECHECK=true

然后运行图形安装界面：

ksh 1/StartGUI.sh

或直接运行命令：

cd <mounted CD folder>/1/
export DSYAuthOS_`lsb_release -si`=1 && export DSY_Force_OS=linux_a64 && ksh ./StartGUI.sh

参考：

运行StartGUI.sh时报错

...
error while loading shared libraries: libz.so ...

安装包zlib中提供依赖的库文件libz.so.1，安装命令：

sudo yum install zlib

然后分别将目录/usr/lib/及/usr/lib64/下的库文件libz.so.1复制并重命名为libz.so：

cp libz.so.1 libz.so

安装ABAQUS/CAE时，在选择证书服务器（License Server Configuration）为SIMULIA FLEXnet后点击下一步时报错

Stdout:
Stderr: unzip: loadlocale.c:130: _nl_intern_locale_data: Assertion `cnt < (sizeof (_nl_value_type_LC_TIME) / sizeof (_nl_value_type_LC_TIME[0]))' failed.

Action LaunchAppAction from feature CODE\linux_a64\SMATocLicPanel failed.
Action ID: unzip_siteIDandDslsStat

可以在安装中跳过证书设置，这并不影响软件的安装。在完成安装之后，将/opt/DassaultSystemes/SimulationServices/V6R2019x/linux_a64/SMA/site/custom_v6.env中的

license_server_type=DSLS
dsls_license_config="/var/DassaultSystemes/Licenses/DSLicSrv.txt"

改为

license_server_type=FLEXNET
abaquslm_license_file="27800@localhost"
# license_server_type=DSLS
# dsls_license_config="/var/DassaultSystemes/Licenses/DSLicSrv.txt"

可以使用以下指令来查看证书状态：

/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abaqus licensing ru

参考：Error during installation · Issue #2 · Kevin-Mattheus-Moerman/Abaqus-Installation-Instructions-for-Ubuntu

安装Intel Fortran编译器

Intel Parallel Studio XE 2019支持的操作系统有：

  • CentOS* 6 (Intel(R) 64), 7 (Intel(R) 64)
  • Debian* 8 (Intel(R) 64), 9 (Intel(R) 64)
  • Fedora* 27 (Intel(R) 64), 28 (Intel(R) 64)
  • Red Hat Enterprise Linux* 6 (Intel(R) 64), 7 (Intel(R) 64)
  • SUSE Linux Enterprise Server* 12 (Intel(R) 64), 15 (Intel(R) 64)
  • Ubuntu* 16.04 (Intel(R) 64), 18.04 (Intel(R) 64)

安装目录：/opt/intel

安装文件会提示需要安装以下32位的共享库文件：

sudo yum install libstdc++.i686
sudo yum install glibc glibc.i686
sudo yum install libgcc libgcc.i686

安装完成后，还需要使用其提供的脚本进行环境设置，在~/.bashrc中添加：

source <install_dir>/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=$PATH:/opt/intel/bin

重启命令行后就可以在任意目录下使用ifort -v查看intel fortran编译器的版本了。

使用whereis ifort指令可以查看其所在位置，默认路径为/opt/intel/bin/ifort。

配置Abaqus运行环境

运行Abaqus/CAE

当系统开机或重启后，证书服务器将会自动启动。手动重启服务器：

sudo ksh /opt/DassaultSystemes/SolidSQUAD_License_Servers/install_or_update.sh

以管理员身份使用以下命令来启动Abaqus/CAE：

/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abaqus cae

或

/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abq2016 cae

如果出现图形渲染问题，可以在启动指令后添加-mesa来禁止硬件图形加速渲染，参考：Hardware acceleration (all platforms)

如果出现CAE窗口透明的情况，可以在启动指令前添加XLIB_SKIP_ARGB_VISUALS=1。

打开CAE后，需要更改工作目录到/home下的任意路径。放置在/home下的文件才能够在普通权限下进行读写，如果没有更改工作路径，ABAQUS会报错sim文件不存在等问题，无法进行计算。

使用以下指令设置默认的工作目录：

export TMPDIR=~/temp

创建快捷方式

使用以下几种方式中的任意一种来使abaqus指令得到全局访问：

  • 修改~/.bashrc，使用export将命令所在目录加入环境变量：
export PATH=$PATH:/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands
  • 修改~/.bashrc，使用alias添加简化指令：
alias abaqus='/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abaqus'
  • 在/usr/bin/中创建同步链接：
sudo ln /opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands/abaqus /usr/bin/abaqus

连接Intel Fortran编译器

修改~/.bashrc，添加Intel Fortran共享库的路径：

export LD_LIBRAY_PATH=$LD_LIBRAY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/lib/intel64

综上，只需在~/.bashrc文件中增加如下内容，即可完成对Intel Fortran编译器和Abaqus运行环境的设置：

# User specific aliases and functions

# ifort env. config.
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=$PATH:/opt/intel/bin

# abaqus env. config.
export PATH=$PATH:/opt/DassaultSystemes/SIMULIA/Commands # global access to abaqus commands
export LD_LIBRAY_PATH=$LD_LIBRAY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries/linux/lib/intel64 # link shared libraries

重启命令行后，使用以下指令来测试编译器的运行情况：

abaqus info=system
abaqus verify -user_std

参考：

延伸阅读

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